La votación para seleccionar a los mejores del siglo incluye tres categorías: jugador, portero y jugadora, y se obtuvo a lo largo de cinco etapas. La primera etapa fué cuando la IFFHS emitió una número de candidatos nominados por cada país en las tres categorías, luego de una cuidadosa investigación de su desempeño durante el Siglo XX.

    En la segunda etapa participaron los candidatos de cada país por continente, seleccionados libremente por reconocidos historiadores, expertos y periodistas deportivos.  En muchos países estos votos especializados fueron la base para decidir los mejores. Se puso como única condición que los ganadores hubieran mantenido un nivel de desempeño regular durante una década cuando menos.

La tercera etapa incluyó candidatos nacionales de cada continente en las mismas tres categorías (jugador, portero, jugadora), - presentados de tal forma que la IFFHS pudiera  seleccionar el número de candidatos que debían tomarse en cuenta para la votación futura del mejor mundial del siglo.

Fué en la cuarta etapa cuando se decidieron los 18 votos finales (3 por cada continente).  El Jurado (compuesto por historiadores de fútbol, expertos y medios de comunicación especializados) pudo votar solamente por su continente. Por ejemplo, el jurado sudamericano votó por sudamericanos solamente, los europeos por europeos, etc. Cada país tuvo un voto, excepto las naciones de mayor nivel futbolístico de cada continente, con dos votos. La votación final incluyó a mas de 150 naciones, y el voto brasileño incluyó a 60 expertos reconocidos.

El resultado de estas cuatro etapas fué recopilado durante 1998 y los jugadores ganadores recibieron su reconocimiento durante la "Gala Mundial del Fútbol 1999".

Fué en la quinta etapa cuando se obtuvieron los mejores del siglo, votando sobre una lista de candidatos meticulosamente verificada  de cada continente, en las tres categorías (jugador, portero, jugadora). Para esta elección de los mejores del mundo, cada país tuvo un voto, excepto los países cconsiderados "mejor de mejores" en fútbol mundial, que tuvieron 3 votos, y los "mejores" dos votos. Los ganadores de esta votación para obtener “Los Mejores del Siglo en el Mundo”, recibieron su reconocimiento durante la "Gala del Fútbol 2000" (y se continuará durante los siguientes eventos).